Er ist seit 1998 als Rechtsanwalt tätig und wurde 2004 zum Notar ernannt. Neben der anwaltlichen Tätigkeit widmet er sich der Referendarausbildung am Landgericht Flensburg. Seit dem Jahr 2011 ist Matthias Otter Fachanwalt für Handels- und Gesellschaftsrecht.
In der Kanzlei betreut Matthias Otter neben dem Notariat überwiegend, aber nicht ausschließlich die Rechtsgebiete Handels- und Gesellschaftsrecht, Bankrecht und zivilrechtliche Vertrags-gestaltungen und -fragen. Daneben widmet er sich auch dem privaten Baurecht sowie dem Internetrecht.
Matthias Otter ist Mitglied des Flensburger und des Deutschen Anwaltsvereins und des Lion-Clubs Uggelharde e.V..